工程设计是根据项目用途要求采用科学先进的方法，完整地表现建设物的外型、空间布置、结构以及群体的组成、与周围环境的相互关系等，是对工程预算进行规划的过程，它对工程预算项目的造价和使用后所产生的社会经济效益起决定性的作用。设计阶段的工作主要包括设计单位的选择、设计方案的确定、总平面设计、建筑结构设计、材料设备的选用等。审计时，一是要了解设计单位和设计人员是否挂靠专业设计部门，是否是专业设计人员，有无设计资格许可证。因为有些社会上的非专业设计人员由于怕负责任、图省事，使用不规范图纸设计，随意加大工程系数、增大结构截面尺寸、提高水泥标号，从而增加了工程预算造价。二是要求设计部门积极推行投资规模限额设计，使之贯穿于设计的全过程，严格控制各项经济指标，防止“设计不算账、概算见分晓”的被动局面出现。三是审核总平面设计对土地利用、工程管网长度的控制是否合理；建筑结构的设计是否符合规范要求；装修设计是否超标；选用的建筑材料是否符合市场供求关系，新型建筑材料是否科学经济；选用的设备是否先进，型号、数量是否符合规定要求，来源、价格是否合理。工程预算招投标工作是建设单位择优选择施工、物资设备供应等承包单位的主要方式，是市场经济调节下工程预算管理体制的一项重要内容，它改变了过去单一的依靠行政手段分配施工任务的做法，解决了好坏不分，赏罚不明的问题，达到了工期短、质量优、造价低、效益高的目的。然而，由于市场机制还不够健全，工程招投标工作还存在一些问题，如招投标方式和程序不符合规定，建设单位个别管理人员与投标单位暗中勾结、弄虚作假，使招投标工作失去了实际意义。因此，审计部门应与工程招投标管理部门协作，加强对招投标工作的审计监督和检查。

采用招投标方式，确定了 设计单位之后，采用限额设计的办法，是控制工程预算的重要手段。通过限额设计，以项目投资意向期间制定的投资估算为基础，为项目设计时造价定下一个额度，使项目设计概算和工程预算图设计时的预算能够得到有效的控制。为了保证项目设计实施时的造价能得到有效控制，在设计委托合同中，应当有条款明确规定限额设计相关内容，从而对设计单位和设计人员起到约束作用。如果设计超出限额，必须严格审查，分析是由于设计单位方面的原因还是由于工程上的客观原因，如果是设计单位方面的原因造成造价超限额，可采取惩罚措施，重新设计或者修改设计，只有这样才能使设计单位和设计人员按规范设计，减少超标准设计现象，得出经济、适用的设计方案，既满足了使用功能，又节省了工程预算。但是，在设计时，并不能为了降低造价而降低造价，而应当在保证设计质量的前提下进行，必须要求设计单位保证设计深度，这样才能使工程概算具有可用性。对于工程预算来说，地质勘探、环境分析、材料核算等都极为重要，比如地质勘探深度不够，数据不够准确，在按设计进行工程预算时就会遇到很多困难，提高工程预算。因此，必须要求设计单位在设计时，对工程预算有深入的把握，对相关情况和数据有计算。工程预算项目在实施阶段的造价控制，虽然所占权重并不大，但依然十分重要，不能忽视。在这一阶段，是将项目投资意向以及项目设计方案具象化的过程。虽然这一阶段受工程估算、工程概算和工程预算的控制，并直接受工程预算的限制，但由于在项目实施阶段工作复杂、涉及面广，还有诸多自然、环境、材料、运输、物价等方面的影响，对工程预算的影响也十分巨大。尤其是整个工程预算项目的费用，大部分都是在这一阶段投入使用，因此在这一阶段对造价的控制必须紧抓，避免工程预算超出设计预算，出现造价失控现象。